H χθεσινοβραδινή βροχή στην πίστα του Motegi δεν επέτρεψε την βελτίωση των χρόνων στην κατηγορία της Moto3 και έτσι οι θέσεις της απευθείας πρόκρισης στις δεύτερες κατατακτήριες κρίθηκαν με βάση τους χθεσινούς χρόνους από τις πρώτες δοκιμές. Και πάλι όμως, με την βροχή να αναμένεται να κάνει την εμφάνισή της και αύριο, οι αναβάτες της μικρής κατηγορίας μπόρεσαν να μαζέψουν πολύτιμα δεδομένα για να προετοιμάσουν τις μοτοσυκλέτες τους για αυτό το ενδεχόμενο. 

Στην κορυφή λοιπόν των φύλλων χρόνου βρέθηκε ο Angel Piqueras, ο οποίος βελτιωνόταν καθόλη τη διάρκεια των δεύτερων δοκιμών, για να φτάσει τελικά το σημείο αναφοράς στο 2:05.716, 339 χιλιοστά του δευτερολέπτου μπροστά από τον Adrian Fernandez, που έκανε το 1-2 για την Leopard Honda. Την πρώτη τριάδα συμπλήρωσε ο David Almansa, ο οποίος γενικά έχει καλή επίδοση στο βρεγμένο. 

Ο Luca Lunetta συνέχισε μια καλή πορεία, σημειώνοντας τον 4ο καλύτερο χρόνο, μπροστά από τον Xabi Zurutuza. Έκτος ήταν ο Stefano Nepa, που πέρυσι πήρε το καλύτερο αποτέλεσμα της χρονιάς του στην πίστα του Motegi, ενώ ακολούθησαν οι Jose Antonio Rueda και David Alonso. 

Την δεκάδα συμπλήρωσαν ο Noah Dettwiler (που πάντα σε αυτές τις συνθήκες είναι δυνατός) και ο Daniel Holgado.